EDI堆栈具有去离子室的基本结构。该腔室包含填充在阳离子交换膜和阴离子交换膜之间的离子交换树脂。只有离子才能穿过膜，水才被阻塞。

当流体进入充满树脂的稀释室时，将启动几个过程。混合床树脂将强离子从进料流中清除。在跨组件堆栈施加的强直流电场的影响下，带电离子被从树脂中拉出并拉向各自带相反电荷的电极。以这种方式，这些带电的强离子物质被连续去除，并转移到中间的浓缩室中。

当离子流向膜时，它们可以通过浓缩室，但不能到达电极。它们被含有相同电荷树脂的连续膜所阻挡。

随着强离子从工艺流中去除，流的电导率变得非常低。施加的强电势使树脂珠粒表面的水分解，产生氢和氢氧根离子。它们充当离子交换树脂的连续再生剂。这些再生树脂允许中性或弱电离的水性物质（例如二氧化碳或二氧化硅）的电离。电离后，通过直流电和离子交换膜将其去除。